Zabieg wapnowania wpływa korzystnie na tworzenie struktury gruzełkowatej gleby. Jest to niezwykle istotne z dla rozwoju systemu korzeniowego roślin uprawianych szczególnie na glebach kategorii agronomicznych średnich i ciężkich. Związki wapnia z próchnicą cementują gruzełki gleby, uodparniając je na działanie wody. Struktura gruzełkowata umożliwia szybszą  penetrację korzenia w głąb profilu glebowego oraz  wpływa korzystnie na magazynowanie wody opadowej. 

W tabeli 1 przedstawiono wpływ wapnowania gliny lekkiej na strukturę gleby. Jak wynika z analizy danych, procent gruzełków o średnicy większej niż 0,25 mm zwiększył się w zależności od wielkości dawki wapna odpowiednio o 15,7 p.p i 28,5 p.p. w odniesieniu do gleby niewapnowanej (29,1%) (tab. 1).

Zwiększenie udziału drobnych gruzełków w glebie w wyniku wapnowania ma  szczególnie duże znaczenie na glebach cięższych. Gleba taka jest mniej podatna na zlepianie się jeśli jest wilgotna i zaskorupianie po jej wysuszeniu. W glebach o uregulowanym odczynie rośliny korzenią się głębiej wobec zwiększenia przewiewności, a głęboka uprawa staje się łatwiejsza.