Ilość substancji organicznej w glebie jest kształtowana w głównej mierze przez nawożenie naturalne i organiczne, uprawę roli oraz płodozmian. Materia organiczna jest głównym wskaźnikiem jakości gleb i wpływa korzystnie na ich właściwości fizykochemiczne. Decyduje o zdolności gleby do zatrzymywania i uwalniania składników mineralnych do roztworu glebowego (pojemność sorpcyjna gleby), zdolności gleby do zatrzymywania i gromadzenia wody, strukturze gruzełkowatej gleby ułatwiającej uprawę roli i zmniejszającej jej podatność na erozję, właściwościach cieplnych gleby (szybkości nagrzewania się); zdolności adsorpcji metali ciężkich i substancji biologicznie czynnych oraz aktywności biologicznej gleby. Materia organiczna jest także źródłem składników pokarmowych dla roślin, w tym niezbędnych mikroelementów.

Rolnicy powinni dbać o zachowanie dodatniego bilansu materii organicznej w swoich gospodarstwach i każdego roku wyliczać tzw. średni współczynnik reprodukcji lub degradacji substancji organicznej.

Wykorzystuje się do tego współczynniki reprodukcji lub degradacji materii organicznej wyliczone dla poszczególnych upraw (tab. 1). Wartości tych współczynników wskazują ile ton suchej masy organicznej ubywa (-) lub przybywa (+) rocznie na 1 hektarze pod wpływem uprawy danej rośliny oraz ile wprowadza się jej do gleby w 1 tonie nawozu.

Tabela 1. Współczynniki reprodukcji i degradacji glebowej substancji organicznej (t s.m. ha ^-1).

Źródło: Kodeks Dobrych Praktyk Rolniczych 2002, Harasim A. 2011.

Poniżej przykład wyliczenia średniego współczynnika reprodukcji lub degradacji substancji organicznej dla następującego zmianowania na glebie średniej: burak cukrowy 1 ha (30 t obornika), pszenica jara 1 ha, soja 1 ha, jęczmień jary 1 ha. Poprawy bilansu materii organicznej w glebie można dokonać poprzez wprowadzenie do płodozmianu roślin bobowatych lub ich mieszanek, stosowanie nawozów organicznych i naturalnych, przyorywanie międzyplonów, resztek pożniwnych i słomy oraz zmniejszenie intensywności uprawy gleby.