Podstawowym czynnikiem warunkującym rozkład resztek pożniwnych jest podatność zawartych w resztkach związków węgla na rozkład mikrobiologiczny, która zależy od zawartości azotu, stosunku węgla do azotu (C:N) oraz zawartości ligniny. W początkowej fazie rozkładu o jego szybkości decyduje zawartość azotu, która łącznie z obecnością labilnych związków węgla prowadzi do szybkiej mineralizacji resztek. Z kolei podczas zaawansowanego rozkładu resztek roślinnych, mającego miejsce kilka miesięcy po ich wprowadzeniu do gleby, o ich rozkładzie decyduje zawartość ligniny. W tym okresie dochodzi do spowolnienia procesów rozkładu, prowadząc do przemian (humifikacji) ligniny i jej produktów w próchnicę glebową.

W związku z tym, że średnia zawartość węgla w roślinach wynosi około 40%, na wartość stosunku węgla do azotu wpływa przede wszystkim zawartość azotu w roślinach. Resztki roślinne wprowadzane do gleby o stosunku węgla do azotu zbliżonym, względnie węższym od stosunku tych pierwiastków w próchnicy (C:N – 10:1), prowadzi do rozkładu próchnicy glebowej. Taka sytuacja ma między innymi miejsce w przypadku wprowadzania do gleby nawozu zielonego lub liści buraków, które charakteryzują się dużą zawartością azotu, nawet ponad 4%.

Szybkość rozkładu resztek zależy również od zawartości w nich ligniny, która najczęściej mieści się w granicach od 5 do 30%. Wynika to z faktu, iż rozkład ligniny w glebie jest tak wolny, że często uznaje się, że jest ona odporna na rozkład przy udziale mikroorganizmów glebowych. Dwukrotnie wyższą zawartość ligniny stwierdza się w korzeniach zbóż niż w ich słomie.

W zależności od stosunku C:N umiarkowaną podatnością na rozkład charakteryzują się młode rośliny, jednak biorąc pod uwagę stosunek ligniny do azotu ich podatność na rozkład mikrobiologiczny jest duża. W przypadku dojrzałych roślin koniczyny ich podatność na rozkład jest mała, a żyto zaliczane jest do grupy roślin odpornych na rozkład. Szybkość rozkładu resztek jest tym większa im znajduje się w nich więcej polisacharydów, bowiem rozkład tych związków w glebie następuje w ciągu kilku tygodni, a ustanie po 4-6 miesiącach od wprowadzenia materiału roślinnego do gleby. Z kolei całkowity rozkład celulozy ma miejsce w ciągu 6-9 miesięcy, a ligniny może trwać przez kilka lat.

Poza składem chemicznym resztek pożniwnych, ich rozkład w dużym stopniu uzależniony jest od czynników środowiskowych, w tym właściwości gleby, które oddziałują na aktywność mikroorganizmów glebowych. Należą do nich: temperatura, warunki powietrzno-wodne panujące w glebie, jej odczyn oraz zawartość składników mineralnych, jak również obecność w glebie związków szkodliwych dla roślin czy gatunek uprawianej rośliny.

Optymalny zakres temperatur dla przeprowadzenia procesu rozkładu resztek pożniwnych jest szeroki i waha się w przedziale od 5 czy 10ºC do 40 czy 50ºC, przy czym zakresy te różnią się w zależności od grupy mikroorganizmów. Wpływ temperatury na procesy związane z rozkładem resztek może być bezpośredni i pośredni. W sposób bezpośredni temperatura wpływa na aktywność mikroorganizmów oraz na procesy związane z zamarzaniem i rozmarzaniem gleby. Pośredni wpływ polega na regulowaniu procesów parowania oraz kształtowaniu aktualnej wilgotności gleby.
Optymalne warunki mają miejsce przy wysyceniu wodą gleby na poziomie 60 – 80% całkowitej pojemności wodnej gleby oraz przy pH w zakresie od 6,6 do 8,5. Przedział ten jest optymalny w przypadku bakterii i promieniowców, które najlepiej rozwijają się przy odczynie zbliżonym do obojętnego. Z kolei w procesie humifikacji aktywność wykazują organizmy glebowe charakteryzujące się niższymi potrzebami energetycznymi, dla przykładu grzyby, dla których najlepsze warunki panują w glebie przy odczynie lekko kwaśnym i kwaśnym, ale przy dostatecznej zawartości azotu glebowego.