Rośliny uprawne różnią się reakcją na wapnowanie gleby, dlatego też przy wyznaczaniu terminu stosowania tego zabiegu należy ustalić jego najkorzystniejsze miejsce w zmianowaniu. Rośliny pod które konieczne jest wapnowanie gleby o niskich wartościach pH to: buraki cukrowe i pastewne, jęczmień jary i ozimy, lucerna, pszenica, rzepak, bób, esparceta i koniczyna. Z kolei do grupy roślin wrażliwych na świeże wapnowanie gleby zaliczane są: łubin żółty, seradela, ziemniaki, len, brukiew, groch warzywny oraz ogórki, pomidory, dynia, pietruszka, seler i marchew.
Zabieg wapnowania na gruntach ornych zalecany jest w okresie po żniwach, a zastosowane uprawki umożliwiają dobre wymieszanie nawozów do odkwaszania z warstwą orną gleby. Podobnie w przypadku użytków zielonych najlepszym terminem do wykonania wapnowania jest jesień. Występujące w okresie jesienno-zimowym opady deszczu umożliwiają przenikanie składników nawozowych w głąb gleby. W okresie wiosennym stosowanie nawozów do odkwaszania gleb jest możliwe w przypadku uprawy mieszanek, względnie innych roślin z przeznaczeniem na paszę, między innymi kukurydzy.
Przy ustalaniu terminu wapnowania należy również uwzględnić ewentualne reakcje pomiędzy wapnowaniem a innymi stosowanymi nawozami mineralnymi, które prowadzą do strat składników nawozowych, między innymi w formie amoniaku, bądź też uwsteczniania fosforu. W związku z tym nawozów azotowych zawierających azot amonowy (grupa nawozów amonowych i saletrzano-amonowych) i mocznika oraz superfosfatów, a także nawozów wieloskładnikowych, które zawierają fosforan amonu nie należy aplikować bezpośrednio przed lub po wapnowaniu gleby.
Nawozów do odkwaszania gleby nie powinno się stosować po nawożeniu organicznym.