Ryzosfera to warstwa gleby o grubości 1 – 3 mm, która przylega do powierzchni najmłodszych części korzeni. Warstwa ta zawiera kilkakrotnie więcej mikroorganizmów glebowych niż pozostała część gleby. Występująca w ryzosferze wysoka aktywność mikrobiologiczna wynika głównie z wydzielania przez korzenie roślin substancji organicznych, między innymi aminokwasów, kwasów organicznych i witamin. Obecne w ryzosferze mikroorganizmy korzystnie wpływają na odżywianie roślin. Dodatkowo w warstwie tej występuje duża liczba bakterii wolno żyjących, które mają zdolność wiązania azotu cząsteczkowego. Po mineralizacji związków organicznych pochodzących z obumarłych bakterii rośliny mogą korzystać z azotu mineralnego. Mikroorganizmy występujące w ryzosferze korzeni wpływają na przyspieszenie procesów mineralizacji substancji organicznych, zwiększając w glebie ilość dostępnych dla roślin form azotu i fosforu, co jest szczególnie widoczne na glebach charakteryzujących się niską zasobnością w te makroskładniki.

Mikroorganizmy ryzosfery korzeniowej biorą również udział w reakcjach utleniania i redukcji, wpływając tym samym na dostępność dla roślin wielu makro- i mikroskładników. Dla przykładu poprzez lokalne zakwaszenie gleby o odczynie zasadowym mikroorganizmy zwiększają przyswajalność żelaza i manganu dla roślin. Z kolei na glebach kwaśnych w efekcie zwiększenia odczynu ograniczają dostępność dla roślin szkodliwych form glinu. Korzystny wpływ mikroorganizmów obecnych w ryzosferze korzeniowej objawia się również w wyniku ich oddziaływania na stymulację wzrostu korzeni poprzez wydzielanie substancji o dużej aktywności fizjologicznej. Dodatkowo zdolność mikroorganizmów ryzosfery do pobierania metali ciężkich chroni korzenie roślin przed ich fitotoksycznym oddziaływaniem.