Zawartość azotu azotanowego w glebie wpływa na rozwój systemu korzeniowego roślin. W przypadku dobrego zaopatrzeniu roślin w azot azotanowy dochodzi do zahamowania wzrostu korzenia głównego, przy jednoczesnym tworzeniu korzeni bocznych charakteryzujących się dość dużą średnicą. Wynika to między innymi z działania hormonów roślinnych. Przy dużych stężeniach azotanów w glebie dochodzi do zwiększenia aktywności nośników azotanów, które umieszczone są w błonie cytoplazmatycznej komórek korzeniowych oraz następuje wzrost aktywności genów, które z kolei odpowiadają za działanie reduktazy azotanowej.

Enzym ten redukuje formę azotanową azotu do formy amonowej, która jest wykorzystywana do budowy białka. Jednocześnie przy wysokim stężeniu azotanów w środowisku wzrostu roślin dochodzi do stymulacji produkcji cytokinin, które hamują podziały merystemu korzenia głównego i wpływają na stymulację aktywności merystemów korzeni bocznych. W przypadku korzeni działanie auksyn jest odwrotne, gdyż kosztem tworzenia korzenia głównego stymulują one wzrost korzeni bocznych. Prowadzi to do spłycenia systemu korzeniowego roślin, co ogranicza zasięg korzenia głównego, a tym samym zmniejsza pobieranie wody i składników mineralnych z głębszych warstw gleby. Jednocześnie dochodzi do zwiększenia masy nadziemnej roślin. Z kolei przy deficycie azotu azotanowego w środowisku wzrostu u roślin dochodzi do stymulacji wzrostu korzenia głównego oraz hamowania wzrostu korzeni bocznych.