W czasie wzrostu i rozwoju rzepak ozimy narażony jest na zachwaszczenie, porażenie przez patogeny grzybowe czy też żerowanie szkodników. Wszystkie te negatywne zjawiska mogą w mniejszym, bądź też większym stopniu wpływać na plonowanie roślin, jak również na parametry jakościowe nasion. Intensywna ochrona roślin mimo, że wpływa najczęściej na uzyskanie wyższych plonów nasion, może oddziaływać ujemnie na liczbę i masę nasion w łuszczynie, a tym samym na masę 1000 nasion.

Uboczne działanie herbicydów może polegać na ich wpływie na właściwości fizjologiczne i biochemiczne rzepaku, przy czym zależy on zarówno od dawki i rodzaju substancji aktywnej, jak również od odmiany i fazy rozwojowej roślin oraz od czynników siedliskowych. Herbicydy mogą modyfikować zawartość biologicznie aktywnych nieodżywczych związków w nasionach rzepaku, między innymi glukozynolanów i związków fenolowych oraz mogą wpływać na zwiększenie ogólnej zawartości fosforu, co zwiększa zawartość fityn.
Insektycydy natomiast mogą wzmagać w rzepaku natężenie procesów hydrolitycznych i oddechowych. Zastosowanie wyższych dawek insektycydów, szczególnie w późniejszym okresie wzrostu roślin – kwitnienie, może ujemnie wpływać na przemianę materii, co prowadzi do hamowania wzrostu i rozwoju roślin oraz wpływa na obniżenie plonowania i pogorszenie parametrów jakościowych nasion rzepaku.