Nawożenie mineralne poza wpływem na plony rzepaku kształtuje jego cechy jakościowe, takie jak zawartość tłuszczu i tioglikozydów oraz skład kwasów tłuszczowych. Zasadniczymi kryteriami w ocenie jakości nasion rzepaku przeznaczonego do produkcji oleju są między innymi zawartość tłuszczu i skład kwasów tłuszczowych, które zależą w dużym stopniu od czynników agrotechnicznych.

Zawartość tłuszczu w nasionach rzepaku ma znaczenie technologiczne i ekonomiczne, natomiast skład chemiczny oleju wpływa na jego stabilność, a także wartość odżywczą i zdrowotną. Zwiększanie dawek azotu wpływa na obniżenie zawartości tłuszczu w nasionach rzepaku. Z kolei aplikacja fosforu czy potasu nie ma widocznego wpływu na jego ilość. Pierwiastkiem wyraźnie wpływającym na zawartość tłuszczu w nasionach rzepaku jest natomiast siarka.

Nawożenie mineralne modyfikuje zawartość poszczególnych kwasów tłuszczowych w nasionach rzepaku, z których największe znaczenie ma kwas oleinowy, erukowy, linolowy, linolenowy, czy palmitynowy. Aplikacja azotu wpływa na zwiększenie zawartości kwasu erukowego, który uważany jest za substancję niepożądaną w przypadku olei jadalnych. Przyczynia się on do obniżenia wchłaniana tłuszczów roślinnych przez organizmy zwierząt i człowieka oraz wpływa na zwiększenie kosztów związanych z przerobem nasion rzepaku. Natomiast nawożenie fosforem i potasem skutkuje najczęściej zwiększeniem zawartości kwasu oleinowego, linolowego i linolenowego oraz zmniejszeniem zawartości kwasu erukowego.