Prawidłowa ochrona rzepaku ozimego jest jednym z głównych elementów gwarantujących uzyskanie wysokich plonów. Chwasty należą do agrofagów, które mają bardzo duży wpływ na plonowanie rzepaku. Przy średnim zachwaszczeniu łanu straty w plonach wynoszą do 25%, natomiast duże zachwaszczenie powoduje nawet 50% zmniejszenie plonów. Ponadto chwasty występujące w rzepaku obniżają zimotrwałość roślin i wpływają negatywnie na ich przezimowanie.

Rzepak ozimy szczególnie wrażliwy jest na konkurencję ze strony chwastów w początkowych fazach rozwojowych. Z tego względu najbardziej efektywne jest odchwaszczanie plantacji rzepaku ozimego w okresie jesiennym. Jesienią zabiegi odchwaszczające można wykonać bezpośrednio po siewie nasion lub powschodowo. Herbicydy, którymi można odchwaszczać rzepak bezpośrednio po siewie oparte są na substancjach aktywnych, takich jak: dimetachlor (Teridox 500 EC), chlomazon (Command 360 CS, Kilof 480 EC, Szpada 480 EC), petaksamid (Koban 600 EC, Canon 600 EC). Szerokie spektrum działania mają preparaty dwuskładnikowe, zawierające np. dimetachlor i chlomazon (Pronap Extra 430 EC). Bardzo popularną substancją aktywną, występującą w wielu herbicydach jest metazachlor. Na rynku można kupić preparaty zawierające tylko tę substancję (Butisan 400 SC, Naspar 500 SC), jak i wieloskładnikowe z metazachlorem (Butisan Duo 400 EC, Permuson 416 SC).

Metazachlor można również stosować powschodowo w fazie od 2 do 4 liści rzepaku - Bora 500 SC, Naspar 500 SC, Oscar 500 SC. Od 3 do 4 liści rzepaku pole odchwaszczać można preparatami z substancjami aktywnymi: chlopyralid (Lontrel 300 SL, Cliophar 300 SL), chlopyralid i pikloram (Borowik 334 SL, Galera 334 SL), czy herbicydami trójskładnikowymi - chlopyralid, pikloram i aminopyralid (Astor 350 SL, Navigator 360 SL). W fazie 4-6 liści rzepaku można stosować propyzamid (Kerb 50 WP, Turbopropyz SC). Jesienią do fazy 8 liści rzepaku zalecane są herbicydy zawierające etametsulfuron (Salsa 75 WG, Olleas 75 WG).

Po przekroczeniu przez rzepak fazy 4 liści aplikować można bifenoks, występujący w herbicydzie Fox 480 EC. Wszystkie wymienione substancje biologicznie czynne niszczą przede wszystkim chwasty dwuliścienne, natomiast częstym problemem plantatorów rzepaku są samosiewy zbóż (główny przedplon rzepaku ozimego) oraz wieloletnie i krótkotrwałe chwasty jednoliścienne. Do ich zwalczania można stosować m. in. propachzafop (Agil 100 EC), cykloksydym (Focus Ultra 100 EC), fluazyfop-P-butylowy (Fusilade Forte 150 EC), chizalofop-P-etylowy (Pilot 10 EC, Elegant 050 EC, Targa Super 05 EC).