Chwasty występujące w rzepaku ozimym są dla niego dużym zagrożeniem. Uprawa ta jest bardzo wrażliwa na zachwaszczenie zwłaszcza w początkowych fazach rozwojowych, dlatego najczęściej praktykowane jest jesienne odchwaszczanie plantacji. Jednakże zabiegi te nie zawsze przynoszą zadowalające efekty, zwłaszcza w przypadku chwastów rumianowatych, maku polnego, chabra bławatka i przytuli czepnej, i konieczne jest powtórzenie oprysku wiosną.
Do wiosennego odchwaszczania rzepaku ozimego wybór substancji czynnych jest bardzo ograniczony. Można stosować herbicydy na bazie pięciu substancji czynnych: chlopyralid, pikloram, halauksyfen metylu, chinomerak oraz imazamoks. Przy czym tę ostatnią można stosować tylko w odmianach uprawianych w technologii Clearfield, które mają naturalną odporność na imazamoks.
Odchwaszczanie rzepaku powinno być przeprowadzone wczesną wiosną, najlepiej zaraz po ruszeniu wegetacji. Herbicydy oparte na chlopyralidzie i pikloramie należy aplikować maksymalnie do rozpoczęcia tworzenia przez rośliny rzepaku pąków kwiatowych (do fazy BBCH 50), a preparaty z chinomerakiem i imazamoksem do końca fazy wydłużania pędu głównego (BBCH 30–39). Herbicyd Korvetto zawierający chlopyralid i halauksyfen metylu można aplikować od początku fazy wydłużania pędu głównego do fazy pąków kwiatowych zamkniętych w liściach rzepaku (BBCH 30–50).
Herbicydy zastosowane w późniejszych fazach rozwojowych rzepaku ozimego niż te określone w etykiecie produktu mogą powodować zahamowanie wzrostu roślin i znaczne obniżenie plonu nasion.