Częstym problemem w uprawie rzepaku jest jego wymarzanie, zwłaszcza w regionach o ostrzejszym klimacie. Tymczasem skłonność do wymarzania można zminimalizować, dobrze przygotowując rośliny do zimy. O tolerancji rzepaku na mróz decyduje jego ogólna kondycja, budowa morfologiczna oraz faza rozwojowa w jakiej znajduje się w momencie wejścia w stan spoczynku zimowego. Optymalnym stadium rozwojowym jakie rzepak powinien osiągnąć do tego momentu jest faza rozety (10-12 liści). Dobrze rozwinięta rozeta liściowa stanowi warstwę izolacyjną przed mrozem dla stożka wzrostu, który jest wysoce wrażliwy na wymarzanie. Ponadto rzepak powinien przed zimą wykształcić dobrze rozwinięty system korzeniowy (ok. 25 cm długości) oraz szyjkę korzeniową o grubości 1-2 cm. Szyjka korzeniowa powinna być dobrze osadzona w gruncie i znajdować się pod powierzchnią gleby. 

Jak poprawić mrozoodporność rzepaku? 

Warto zwrócić uwagę na termin i gęstość siewu. Optymalny termin zapewnia liczbę dni wegetacji jaka jest konieczna do osiągnięcia fazy rozwojowej, w której rośliny mogą bezpiecznie przezimować. Należy unikać nadmiernego zagęszczenia roślin w łanie. Sprzyja to bowiem konkurencji o zasoby siedliska i sprawia, że rośliny stają się wiotkie, wybiegnięte i słabo ukorzenione, zaś szyjka korzeniowa zostaje wyniesiona nad powierzchnię gleby. W zbyt gęstym łanie wzrasta również ryzyko porażenia przez mikroorganizmy chorobotwórcze, co osłabia kondycję roślin.

Jeszcze przed zimą należy zadbać o uregulowanie pokroju roślin. Można to osiągnąć stosując fungicydy z grupy triazoli (np. metkonazol, tebukonazol), regulatory wzrostu (np. chlorek mepikwatu, proheksadion wapnia) lub środki łączące obie grupy (np. chlorek mepikwatu + metkonazol). Zastosowanie tego rodzaju preparatów ma na celu wytworzenie zwartej rozety liściowej, skrócenie roślin, zawiązywanie pędów bocznych oraz pogrubienie szyjki korzeniowej. Wspomaga także rozwój systemu korzeniowego. 

Znaczącą rolę w poprawie zimotrwałości rzepaku odgrywa zbilansowane nawożenie. 

Pierwiastkami, które w znacznym stopniu decydują o przezimowaniu roślin jest fosfor i potas. Fosfor wpływa na rozwój systemu korzeniowego, zaś główną rolą potasu jest regulacja gospodarki wodnej. Azot buduje masę części podziemnych i nadziemnych, jednak jego nadmiar może negatywnie wpłynąć na przezimowanie. Rośliny mogą nie zdążyć przekształcić pobranego azotu w białko, więc zawierają dużo wody, co czyni je bardziej podatnymi na uszkodzenia wywołane mrozem. Do przekształcania azotu w białko potrzebna jest siarka i magnez, należy więc dostarczyć roślinom te składniki. Odpowiedni poziom zaopatrzenia w potas i bor sprzyja procesowi zagęszczania soku komórkowego, obniżając tym samym punkt jego zamarzania. Wymienione składniki pokarmowe można znaleźć w nawozie Polifoska 5 który oprócz NPK, zawiera także siarkę i magnez lub Amofoska 5-10-25 z borem, który dodatkowo posiada w składzie wapń, siarkę i bor.
​
Przygotowując rzepak do zimy można również sięgnąć po biostymulatory, których jedną z ról jest uzdolnienie roślin do przetrwania w warunkach stresowych. Preparaty te to na ogół produkty naturalne, oparte na takich składnikach jak np. aminokwasy, wyciągi z alg morskich.